Mapa das Rotas Metabólicas na Internet

Bom, essa postagem não é sobre python nem linux, é apenas uma recomendação de site. Mas não deixa de ter sido um achado e me economizou esforços... afinal, minha busca por um mapa metabólico geral terminou. Internet é assim, embora rica em informações, algumas áreas carecem de informação de qualidade gratuita.

Se você gosta ou precisa de material de Bioquímica, o site da "União internacional de Bioquímica e Biologia Molecular", ou International Union of Biochemistry & Molecular Biology (IUBMB), é parada obrigatória. Não tem tudo o que você precisa, mas tem algumas raridades gratuitas e de alta qualidade.

Além de disponibilizar uma mapa geral da rotas bioquímicas (o que é raridade, só achei simplificações e de baixa resolução.... a não ser, é claro, em troca de alguns bons dólares), disponibiliza "mini mapas" mais detalhados e também animações de algumas das principais rotas metabólicas, como a glicólise e o cíclo do ácido cítrico.

O site do Expasy também oferece um sistema que permite que você navegue pelas rotas metabólicas. É muito interessante, completo... e sendo do Expasy, confiável. Se quiser navegar nele clique aqui.

Aproveite!

Ecomonic freedom and human development

Some economists defend that Economic Freedom is closely related to Human Development - I remember have read it from Allan Greenspan, Amartya Sen, and, of course, the metaphor coined by Adam Smith . There are two indexes that can express these two aspects:

• The Human Development Index: assembles life expectancy, education level and gross domestic product and is an international index for mesuring life quality.
• The Index of Economic Freedom: assembles Business Freedom, Trade Freedom, Fiscal Freedom, Government Size, Monetary Freedom, Investment Freedom, Financial Freedom, Property rights, Freedom from Corruption, Labor Freedom, and reflects the economic freedom of a country.

Recently, both indexes updated were released, and I had to analyse whether this correlation exists in fact.

What I have observed?

I observed a considerable positive correlation between the ranks of HDI and EFI, both, visually (see figure bellow) and numerically (Pearson's product-moment correlation of 0.7084 with 95% confidence interval from 0.6177 to 0.7805).

By these results, it is possible to conclude that economic freedom is positively correlated to human development. By the scattering on the graphic, we can also conclude that, if economic freedom promotes human development (Correlation not always means cause-consequence), although economic freedom is strongly correlated to human development, the former is not the unique actor on the latter.

Interestingly is the fact that Cuba (identified as a Communist country), although having one of the worst position in the economic freedom rank (156th), does not has so bad human development position (51th). It would be interesting also analyse North Korea, however, its human develoment level is analysed together with South Korea, as Republic of Korea.

Other countries having very different ranks are: Belarus, Mozambique, Uganda, Madagascar, Botswana and Libya.

According to the table of the Index of Economic Freedon, the following countries were not inclued in the analysis (one of the indexes are missing): Slovak Republic, Ivory Coast, Somalia, Laos, Korea, Montenegro, Vietnam, Kyrgyz Republic, Iraq, Burma, Serbia

I tryed to be as rigorous as possible, trying to not commit errors during the analysis, however, it is not an official publication, I am not an economist and, consequently, it can contain errors.

Ubuntu 7.10 (Gusty) on Toshiba Satellite M205-S7453

Every time somebody thinks in changing its Notebook, one of the most important information we would like to have available on Internet is: Does certain notebook works properly with Linux?

Well, here I announce that I could install Ubuntu 7.10 (Gusty) on a Toshiba Satellite M205-S7453 without any difficulties, and had all my devices working properly, i.e., all that I have checked.

Video: OK
Sound: OK
Network card: OK
Wireless: OK
USB ports: OK
TouchPad: OK
WebCam: OK
Modem: Not Tested.

Also, differently of other notebooks I have installed Ubuntu 7.10 on, with this notebook, the Live CD worked properly without any modifications of the default boot parameters.

Plugin Flash no Mozilla Firefox

Uma das grandes besteiras que perdi muito tempo para resolver, mas que agora, pelo menos temporariamente, está resolvido é como fazer o plugin Flash para o Firefox (Ubuntu) funcionar.

Utilizando dos repositórios Ubuntu e o sistema apt-get, nunca consegui fazê-lo funcionar corretamente. O plugin Gnash até instala direitinho, porém ele ainda não faz tudo funcionar corretamente.

A solução que encontrei foi a seguinte:

1- Baixe o pacote tar.gz com a ultima versão do plugin Flash no site da Adobe. Quando publiquei esse tópico, o endereço do site em português com a última versão (9) era aqui .

2- Descompacte esse pacote com o seu sistema favorito ou simplismente tar -vzxf nome_do_pacote no terminal.

3- Caso não esteja usando o terminal do linux, abra-o e acesse o diretório criado com o instalador Flash, no meu caso, install_flash_player_9_linux.

4- Liste os arquivos do diretório. Na versão 9, são dois arquivos: flashplayer-installer e libflashplayer.so.

5- Feche seu navegador, caso ele esteja aberto.

6- Execute o instalador pelo seguinte comando: ./flashplayer-installer. O instalador vai pedir que você confirme o diretório de configurações do Mozilla. Geralmente basta dar um "Enter", porém, para garantir, verifique se o que ele informa está correto. Continue a instalação.

7- Ao terminar, copie, com permissão para super usuário, o arquivo libflashplayer.so para a pasta /usr/lib/firefox/plugins/.


8- Pronto! Deve estar resolvido. Abra seu Firefox e teste.


Abs,

Teclado U.S. Internacional, Ubuntu em inglês e Cedilha

Se você instalou o Ubuntu no seu micro (ou outra distribuição que use o Gnome), tem um Teclado U.S. internacional, quer manter o Inglês como língua do Sistema e quer usar o cedilha, faça o seguinte:

1- Selecione o layout U.S. International (with deadkeys).

2- Edite o arquivo libgtk2.0-0.immodules (precisa de permissão de super usuário - root). No Ubuntu Gusty fica em /usr/lib/gtk-2.0/2.10.0/immodule-files.d/.

3- Adicione na linha que começa com "cedilla" um ":en" na última seção entre aspas. Deve ficar mais ou menos assim:

"cedilla" "Cedilla" "gtk20" "/usr/share/locale" "az:ca:co:fr:gv:oc:pt:sq:tr:wa:en"


4- Salve.

Pronto!

Ubuntu Gusty Live CD em Laptops

Caros,

Outro "graaande" problema que resolvi recentemente e que talvez possa afligir outras pessoas, foi instalar o Ubuntu Gusty no meu Laptop (Toshiba Satellite A1100, velhinho mesmo!).Li na internet que o problema que eu vinha encontrando era o mesmo que muitos outros também já haviam encontrado.

O problema: Inicializava meu computador com a release oficial do Ubuntu Gusty e tudo ia bem, até que uma linda tela preta aparecia.... e daí não saia.

Buscando no Google, grande mestre, encontrei várias possíveis soluções, entretanto, a única que funcionou foi a seguinte:

1- Salvei, no meu pen drive, o arquivo /etc/X11/xorg.conf do Ubuntu antigo que estava rodando no meu HD.


2- Reinicializei minha máquina pelo CD do Gusty. No menu de opções do CD, escolhi rodar o Live CD, porém, antes de continuar a inicialização, apertei F6, mudei a opção de boot "splash" para "nosplash" e removi a opção "quite". Dei continuidade a inicialização.

3- Quando o sistema estabilizou na famosa "tela preta", apertei Ctrl+F1, o modo texto ficou disponível, e substituí o arquivo /etc/X11/ xorg.conf com o que estava no meu pen drive (que estava montado na pasta /media).

4- Voltei ao modo gráfico usando Ctrl+F7 e o reinicializei usando Ctrl+Alt+Backspace.

Pronto! Resolvido. Fiz a instalação pelo modo gráfico. Até onde verifiquei, tudo o que funcionava nas versões antigas continuam funcionando.

O problema do RPy

100 anos depois, resolvi atualizar meu Ubuntu para a distribuição Gusty. O que aconteceu é que ao tentar importar o módulo RPy no python 2.5, recebi a seguinte menssagem de erro:

Python 2.5.1 (r251:54863, Oct 5 2007, 13:36:32)
[GCC 4.1.3 20070929 (prerelease) (Ubuntu 4.1.2-16ubuntu2)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import rpy
RHOME= /usr/lib/R
RVERSION= 2.5.1
RVER= 2051
RUSER= /home/*****
Loading Rpy version 2051 ..
Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in
File "/usr/lib/python2.5/site-packages/rpy.py", line 112, in
exec("import _rpy%s as _rpy" % RVER)
File "", line 1, in
ImportError: No module named _rpy2051


Eu já tinha tido esse mesmo problema na PyConBrasil3, onde o grande Dorneles Treméa o resolveu no momento. Google nele, e li no site do próprio Dorneles que ele tinha usado o arquivo de uma versão pré-compilada do Fedora.

Achei o pacote rpy-0.4.6-17.fc6.i386.rpm em

http://hany.sk/~hany/RPM/fc-extras-6-i386/rpy-0.4.6-17.fc6.i386.html.

Baixei o dito cujo e descompactei apenas o arquivo _rpy2051.so. Não achei versão mais nova. Porém, para o que estava precisando no momento funcionou.

No terminal, digitei "sudo cp _rpy2051.so /usr/lib/python2.5/site-packages/". Pronto, resolvido!

Python 2.5.1 (r251:54863, Oct 5 2007, 13:36:32)
[GCC 4.1.3 20070929 (prerelease) (Ubuntu 4.1.2-16ubuntu2)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import rpy
RHOME= /usr/lib/R
RVERSION= 2.5.1
RVER= 2051
RUSER= /home/****
Loading Rpy version 2051 ../usr/lib/python2.5/site-packages/rpy.py:1: RuntimeWarning: Python C API version mismatch for module _rpy2051: This Python has API version 1013, module _rpy2051 has version 1012.
#
Done.
Creating the R object 'r' .. Done

Pelo menos temporariamente o problema está resolvido. Se isso vier a causar outro problema, são outros quinhentos.... e, pela menssagem já emitida, muito provavelmente vai aparecer. É melhor testar antes de qualquer coisa!