sexta-feira, 25 de setembro de 2009

Pyscience Brasil

Aproveitando o embalo da postagem sobre Bioinformática, aproveito para divulgar aqui um Wiki na Wikidot sobre python para a ciência. Foi uma idéia de um grupo de pythonistas que estavam presentes na PythonBrasil 3 em Joinville, que implementamos logo em seguida.

Eu costumo contribuir com a parte de códigos e programas em python para bioinformática (embora ultimamente esteja devendo um pouco), principalmente na análise de seqüências de DNA e proteína usando principalmente Biopython, como o uso remoto e/ou massivo de diversas ferramentas do NCBI assim como geração de logos de seqüências. Também contribuo na parte de estrutura tridimensional de proteínas e estatística. Entretanto, o pyscience-brasil contém textos para as mais diversas áreas do python com aplicação científica, como gráficos (Pylab), matrizes, (Numpy) , probabilidade e estatística (RPy e Scipy), e outras diversas "calculeiras" (Scipy).

Fica ai o link e o chamado para contribuição!

Pyscience Brasil



Abs,

Biologia e Computação

Recentemente escrevi um artigo de divulgação científica sobre Biologia e Computação, tentando discutir as inspirações recíprocas de ambas as áreas. Isto é, tentei fazer um cronograma histórico (em linguagem simples, sem o peso da estatística e da programação envolvidas) sobre a bioinformática e os algorítimos de inteligência artificial utilizados pela Biologia, principalmente pela Biologia Molecular e Bioquímica. Pelo outro lado, tentei escrever sobre as mais famosas inspirações "biológicas" da computação, como redes neurais artificiais e algorítimos genéticos.

Deixo aqui então o link para o texto publicado na revista In silico.

Biologia e Computação: trevas e luz

quinta-feira, 6 de novembro de 2008

Problema Firefox 3.0 do Ubuntu 8.04 vs Novo Hotmail

Opa!
Recentemente, o Hotmail começou a "reclamar" do Firefox 3.0 do Ubuntu. Toda vez que "logava" recebia que meu navegador não dispunha de todas as compatibilidades e que deveria utilizar, entre outros, o Firefox. Bom, mas era esse mesmo que estava usando. Mas conseguia receber e enviar meus emails normalmente, até que essa semana (primeira de novembro), não conseguia mais responder minhas mensagens.

Rápidamente achei uma solução no fórum do ubuntu em: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=961051

Uma tradução resumida do tópico seria:

1) Feche seu navegador
2) Crie um arquivo com nomer user.js em ~/.mozilla/firefox/********.default/
3) Adicione o seguinte código: user_pref("general.useragent.vendor", "Firefox"); e salve o arquivo.
4) Tente novamente abrir o Hotmail pelo Firefox que deve funcionar.

Abs,

segunda-feira, 24 de março de 2008

Fazendo o KeyJNote funcionar

No Ubuntu Gusty, instalei o KeyJNote via apt-get, e, ao tentar faze-lo rodar, recebia uma menssagem de erro que dizia que o pdftoppm gerava .ppm's "quebrados". Achei algumas soluções no google, porém a que funcionou está aqui:



Basicamente:
1-) você baixa esse arquivo no diretório "home" do seu usuário
2-) Acessa o diretório onde o KeyJNote está instalado (cd /usr/share/keyjnote)
3-) corrige o keyjnote com: sudo patch --backup keyjnote.py /home/fred/keyjnote_v10.0.patch

Espero que funcione.

sexta-feira, 7 de março de 2008

Compartilhar conexão de internet no Ubuntu

Bueno, existem milhares de perguntas/repostas e artigos na internet sobre como compartilhar a conexão de internet que está em um micro com Ubuntu. Mesmo assim, nunca, a apartir de um único texto, consegui compartilhar minha conexão. O que fiz, foi um apanhado, e resolvi meu problema e deixo aqui minha solução:

O micro com internet:
- tem duas placas:
-- eth0, que está conectada na internet
---- se está conectada a internet, a configuração está correta, e nada deve ser alterado
-- eth1, que vai para a rede local.
---- Endereço IP estático: 192.168.0.1
---- Máscara sub-red: 255.255.255.0
---- Endereço de gateway: deixei em branco
- Crie um script com os comandos abaixo e o execute em um terminal pelo comando sudo nome_do_script.




#!/bin/bash
echo 1 > /proc/sys/net/ipv4/ip_forward
iptables -t nat -P POSTROUTING DROP
iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth0 -j MASQUERADE
iptables -A FORWARD -i eth1 -j ACCEPT



- Se você estiver usando uma conexão dsl, provavelmente você precisa alterar "eth0" por "ppp0"

O micro da rede local:
- Endereço IP estático: 192.168.0.2
- Máscara sub-red: 255.255.255.0
- Endereço de gateway: 192.168.0.1
- Configure DNS com o endereço que você deve pegar no seu arquivo /etc/resolv.conf
- Reinicie sua rede digitando no terminal sudo /etc/init.d/networking restart


Pronto! No meu funcionou, espere que funcione no seu.

Abs,
Fred


sábado, 1 de março de 2008

Eu não patentearia a fórmula da felicidade!

Admiro muito a Internet, além de todas as suas utilidades práticas, ela também é um banco de idéias, não necessariamente boas, mas idéias. Um banco de idéias! Fantástico! Felizmente vivi esse momento. Sou um pouco "tímido" para falar de sentimentos, gosto mesmo é da razão, mas também há razão por trás dos sentimentos.

Nessa postagem, não pretendo lançar a "fórmula" para felicidade, apenas adicionar mais um pensamento a respeito dela nessa banco de idéias que é a internet. Esse blog não é para isso, mas ele é meu, e posso fazer o que não deveria ser feito! :)

Hoje, em uma conversa, em determinado contexto, disse a uma pessoa, sem pensar direito, que seu eu tivesse a fórmula para felicidade eu a venderia bem caro.

Minutos depois, essa frase me voltou a cabeça e pensei: "Que egoísmo! Ninguém pode ser privado de ser feliz!". Entendo que patentes são benéficas em muitos contextos, e que, embora pareçam egoísmo momentaneamente, no "long run" elas trazem mais benefícios que não as tendo. Entretanto, não faz nenhum sentido patentear ou esconder a fórmula para felicidade.

Isso me despertou um pensamento, pois havia identificado algo realmente "ruim". Não sou dos românticos que acredita no bem e no mal simplesmente. Mas tive que reconhecer, esse foi um pensamento muito egoísta, e ele só podia ser classificado como ruim. E poucas coisas me parecem tão simples e me despertam tanta certeza. Isso que é egoísmo!

Ao mesmo tempo, me perguntei quem criou esse conceito, "felicidade"? É pura abstração, não passa de um estado psicológico, talvez até um reflexo de um configuração neurofisiológica, porém só tem significado como estado mental (não confundir com prazer). Não tem significado no mundo material (mesmo porque significado não existe nesse mundo, apenas no psicológico). Então, porque buscamos tanto essa tal felicidade, se ela está dentro de nós, e apenas dentro de nós? A pergunta que me surgiu foi então: "Por que raios então, se ela só existe dentro de nossa cabeça e a queremos tanto, por que não a abraçamos e não a soltamos mais?".

Minhas conclusões foram que talvez nós simplesmente não sabemos "ser feliz", e geralmente culpamos o mundo por isso. É mais fácil culpar o mundo do que culparmos a nós mesmos pelo ônus de nossa infelicidade. É muita responsabilidade ser o culpado pela própria infelicidade. E por que não sabemos "ser feliz"? Me parece que temos um conceito paradoxal, digo, mal formulado e portanto impossível de tê-lo em sua forma plena... e ao invés de mudá-lo, culpamos o mundo lá fora.

Mas é possível ser feliz? Existe uma fórmula para isso? Talvez não da maneira como alguns a querem. E por um lado é até bom, assim nenhum louco ou em momento de insanidade a esconde dos demais. Mas provavelmente é possível ser plenamente feliz mudando o conceito de felicidade, para algo possível, coerente com a realidade. Formulá-lo melhor ou, melhor ainda, não o formular, porque a completa coerência com o mundo não é algo fácil. Não precisamos desse conceito, nem "ser feliz". Mas o conceito existe e "precisamos" satisfazê-lo. Me perguntei porque em alguns momentos não se consegue associar esse conceito com isso aqui, isso que está acontecendo agora, e, num instante, nos tornamos felizes.

Por que não ser simplesmente o que estamos sendo nesse momento? Por que ser diferente disso agora? Por que precisamos de algo mais? Faz sentido buscar a felicidade? Quem disse que precisa ser diferente? Nós mesmos dissemos tudo isso, e por que então não dizer a si mesmo que ser feliz é ser o que está sendo agora? Provavelmente porque não conseguimos, porque não controlamos nossa mente. Não a conhecemos e não a disciplinamos. Talvez falte praticar a "disciplina psicológica".

Reinventado a roda, ou melhor, parte da filosofia Zen Budista. Tem gente dizendo isso há milhares de anos! "Contento-me com o que tenho". Tá bom, não tem nada de novo no que disse! Então tá, como tem experiência de milhares de anos acumulada, vamos segui-la: "um segundo de prática vale mais que anos de teoria".... à pratica!

Embora não ligue muito para assuntos "sentimentais", a busca pela felicidade é um dos grande motores da vida humana e seria irracional não a considera-la. Achei essa reflexão pertinente e gostaria de partilha-la com quem quiser, não é uma fórmula, apenas mais uma idéia nesse banco. Se quiser algo melhor busque a filosofia original do Zen! ;)

Grande abraço!

terça-feira, 19 de fevereiro de 2008

Mapa das Rotas Metabólicas na Internet

Bom, essa postagem não é sobre python nem linux, é apenas uma recomendação de site. Mas não deixa de ter sido um achado e me economizou esforços... afinal, minha busca por um mapa metabólico geral terminou. Internet é assim, embora rica em informações, algumas áreas carecem de informação de qualidade gratuita.

Se você gosta ou precisa de material de Bioquímica, o site da "União internacional de Bioquímica e Biologia Molecular", ou International Union of Biochemistry & Molecular Biology (IUBMB), é parada obrigatória. Não tem tudo o que você precisa, mas tem algumas raridades gratuitas e de alta qualidade.

Além de disponibilizar uma mapa geral da rotas bioquímicas (o que é raridade, só achei simplificações e de baixa resolução.... a não ser, é claro, em troca de alguns bons dólares), disponibiliza "mini mapas" mais detalhados e também animações de algumas das principais rotas metabólicas, como a glicólise e o cíclo do ácido cítrico.

O site do Expasy também oferece um sistema que permite que você navegue pelas rotas metabólicas. É muito interessante, completo... e sendo do Expasy, confiável. Se quiser navegar nele clique aqui.

Aproveite!